تختلف أعراض متلازمة القولون المتهيج العصبي من شخص إلى آخر، وقد تكون أكثر حدة عند بعض المرضى نسبةً إلى غيرهم، كما قد تختلف شدتها لدى الشخص نفسه بين فترة وأخرى.

تميل الأعراض للظهور والاختفاء في فترات تمتد من بضعة أيام إلى أشهر في كل مرة. وغالباً ما تظهر بعد التعرض لمحفزات القولون العصبي، مثل التوتر أو الضغط النفسي، أو بعد تناول الأطعمة المهيجة. وتشمل أعراض القولون المتهيج الأكثر شيوعاً ما يلي:

▪︎ألم في البطن، ويكون ألم القولون العصبي على شكل تقلصات في الأمعاء أو تشنج في البطن، أما عن مكان ألم القولون، فإنه يصيب عادةً أسفل البطن أو كامل البطن، وغالباً ما يزداد بعد تناول الطعام، ويقل بعد التبرز.

▪︎الإسهال، والذي يكون عادةً على شكل نوبات شديدة من البراز المائي أو الشعور المفاجئ بالحاجة إلى التبرز، وقد يرافقه الشعور بالغثيان.

▪︎الإمساك والبراز الصلب، والشعور بالإجهاد عند التبرز وعدم إفراغ الأمعاء بشكل كامل. ويعتبر الإمساك أكثر الأعراض شيوعاً عند الشباب والمراهقين المصابون بمتلازمة القولون العصبي.

▪︎اضطراب حركة الأمعاء وتناوب الإصابة ما بين الإسهال الشديد والإمساك الشديد.

▪︎خروج مخاط أبيض مع البراز.

▪︎الغازات، والتي تقل عادةً بعد تفريغ الأمعاء.

▪︎انتفاخ البطن (بالإنجليزية: Bloating) والشعور بامتلاء البطن وتورمه على نحو غير مريح.